โจนัส เทย์เลอร์ เหมือนเดิม เขากำลังทำการวิจัย ลูกฉลามเมกาโลดอน ที่ถูกนำมากักไว้เพื่อวิจัย ในขณะที่ทีมวิจัยคนอื่นกลับออกไปสำรวจร่องมหาสมุทรมาเรียนน่าซึ่งเป็นที่ที่พวกเขาพบกับเมกาโลดอนเป็นครั้งแรก ที่นั่นทีมวิจัยสำรวจพบกับสิ่งมีชีวิตดึกดำบรรพ์อีกตัวหนึ่งคือ โครโนซอรัส สัตว์เลื้อยคลานในทะเลขนาดใหญ่ที่วิวัฒนาการมาเพื่อล่าสัตว์ซึ่งมันอาศัยอยู่ในร่องน้ำมรณะแห่งนี้ ทีมวิจัยและ โจนัสจะต้องเผชิญหน้ากับสัตว์ดึกดำบรรพ์ตัวโหดตัวใหม่ รวมถึงการกลับมาของเมกาโลดอนด้วย
